密室逃脱13的秘密任务要求玩家具备高度的观察力和逻辑思维能力，通过细致探索场景来发现隐藏线索。游戏设定玩家扮演侦探调查神秘案件，秘密任务作为额外挑战环节，需要收集各种关键物品如特殊钥匙、密码卡和线索纸条。这些物品往往隐藏在不易察觉的位置，要求玩家仔细检查每个场景的细节，并利用收集到的信息解开连环谜题。成功完成秘密任务依赖于对环境的全面观察、物品的正确组合以及逐步推进剧情流程。
解锁隐藏关卡是秘密任务的一个特殊要求，玩家必须集齐特定物品才能开启额外内容。进入第16关特殊关卡需要在所有前15个关卡中收集齐15个安瓿瓶，并在通关后自动激活。这一设定增加了游戏的收集元素和重复可玩性，要求玩家在主线任务之外专注于物品的搜寻和持久探索。类似地，其他秘密任务可能涉及寻找分散的符文、宝石或特殊道具，并按照正确顺序组合才能推进。
秘密任务中的谜题设计往往涉及复杂的机械和逻辑机制，需要精确的操作步骤和耐心。转盘调整机关要求玩家通过左右按钮控制旋转，按特定顺序拼凑完整图像；液体分配环节需准确测量不同单位的色彩液体，利用容器进行多次转移以达成目标；齿轮机关则可能带有特殊标记如罗马数字或符文，必须与场景中的密码锁或暗格对齐才能激活。这些谜题考验玩家的空间思维、记忆力和对细节的把握，避免错误操作导致重试。
玩家常需遵循分头行动和多场景探索的流程，解决连环谜题以推进故事。造王者关卡要求玩家修复船只、降下石桥，并探索墓穴获取关键物品如王冠，过程中涉及显微镜调整、光线反射谜题和配药挑战。这些任务环环相扣，要求玩家统筹全局，利用环境线索和道具互动来逐步揭开真相，同时避免触发陷阱或错误剧情分支。
秘密任务还强调对游戏内小游戏和隐藏物品场景的熟练掌握，玩家需在36个不同环节中测试自身能力。这些包括寻找特定物品如指甲锉、恶魔帽子蘑菇或权杖，以及完成记忆游戏或拼图挑战。成功依赖于快速识别模式、灵活运用逻辑推理，并注意场景中的微小变化，这些要求提升了游戏的挑战性和沉浸感。
