有几类精灵是玩家必须优先捕捉的，包括高种族值的战斗主力、具备Mega进化潜力的精灵、实用性强的工具宠以及稀有神兽。这些精灵在游戏不同阶段能显著提升队伍实力，帮助玩家更高效地推进剧情和完成图鉴收集。选择正确的精灵培养可以大幅降低游戏难度，特别是在道馆战和冠军之路等关键节点。
火系精灵中喷火龙因其双形态Mega进化成为首选，X形态变为火/龙属性，Y形态强化特攻输出。水系推荐巨沼怪，其水/地面属性组合仅有一个草系弱点，Mega后物攻和耐久大幅提升。超能系的沙奈朵不仅拥有优秀特攻，Mega进化后特防和特攻能力更为突出。电系的雷伊布速度种族值高达130，能先手压制多数对手。草系妙蛙花凭借厚实的双防和寄生种子战术成为消耗战好手。恶系的班吉拉Mega后物攻164、物防150的恐怖数值使其成为物理端霸主。
工具宠的选择直接影响地图探索效率。热带龙能学习飞翔、碎岩、怪力等五个秘传技能，是跨地形移动的核心。蛇纹熊早期就能掌握居合斩和冲浪，其捡拾特性还能额外获取道具。巨牙鲨和毒刺水母负责水上移动，前者可学习碎岩和怪力，后者能掌握潜水技能。图图犬因其能学习全部秘传技的特殊性，成为后期最全面的交通工具。这些功能性精灵虽然不参与主力战斗，但能大幅减少队伍调整频率。
三圣鸟会根据初始选择的御三家决定种类，需在二周目通过特定方式遭遇。超梦在终焉洞穴深处出现，建议准备催眠和刀背打击技能提高捕获率。Xerneas/Yveltal作为版本限定神兽，剧情必定获得但要注意个体值重置。Zygarde在通关后出现，其地面/龙属性在对抗电系道馆时效果显著。这些神兽不仅种族值远超普通精灵，部分还能进行Mega进化。
Mega进化系统是本作核心机制，相关精灵必须重点培养。除御三家外，路卡利欧、耿鬼、暴鲤龙等都能通过Mega石获得形态和属性变化。暴鲤龙Mega后由水/飞行变为水/恶属性，有效规避电系弱点。耿鬼Mega后特攻提升至170，速度130确保先手优势。巨钳螳螂Mega后物防140、物攻150，钢属性抗性使其成为物理盾牌。这些精灵在携带对应Mega石后，能在战斗中随时触发进化，大幅改变战局走向。
后期培养需关注精灵个体值和努力值分配。野生未发现组精灵至少具备3V个体值，通过同步特性凯西可控制遭遇精灵的性格。战斗屋和超级训练系统能精准调整努力值，建议主力输出优先加满速度和相关攻击项。联机对战需准备6V精灵，利用红线遗传5项个体值和不变石固定性格的孵蛋技巧必不可少。完成图鉴后可获得闪耀护符，显著提升异色精灵出现概率。
卡洛斯地区分为海岸、中心和山脉三个生态区，每个区域有专属精灵分布。周二限定出现洛托姆，周四限定出现诅咒娃娃，时间性精灵需特别注意。内瓦图森林、22号公路等高草丛区域容易出现稀有精灵，使用香甜蜂蜜可吸引特定种类。玩家后花园能获得好友专属精灵，联机交换可补齐版本限定种类。完成全国图鉴后，博士会赠送道具奖励并解锁特殊剧情。
